1859年，达尔文提出了进化论学说，他认为生物不是神创造的，而是经过漫长的岁月从简单到复杂进化来的。严格地说，进化论至今都只是一种假说，当年达尔文希望将来能发现确凿的证据，可是禁得起检验的证据至今也没有找到，而且进化论的理论与事实也出入太大，论证模棱两可，结论也无法重复。后来的学者是把进化论当作一种科学的信仰继承下来的。也正是因为信仰，才把它当成真理介绍给学术界和公众，这种新奇的假说很快形成了一个流行的信仰，人云亦云，被人们当成了真理。
然而，严谨的学者清楚：接受的人多并不能把一个假说上升为真理，真理需要严密的推理和无可辩驳的证据，这正是进化论所缺乏的。笔者多年来热衷于进化论的研究，也一度在感情上强烈地维护着它的尊严。但是面对越来越多的事实，严谨的思考使我看到了进化论的错误所在。在此，笔者希望用通俗的语言，把进化论的问题和一些鲜为人知的事实公诸于世。希望改变这一百多年来，进化论者代替公众在思考、甚至代替其它领域的科学家在决定真理这样一个局面。在事实面前，在严谨的推理面前，把理智思考的机会留给每一个人。
一、暴露的问题被掩盖了
1880年，美国加利福尼亚的太波山下出土了许多精巧的石器工具，鉴定后确认这是5500万年前的遗迹，完全打破了进化论里人类进化的体系。然而，这个惊人的发现很快被莫名其妙地“淡忘”了。当盛行的理论受到冲击时，人们总是不愿意怀疑自己的信仰，即便事实也要怀疑或者不愿理睬。
1966年，墨西哥的霍亚勒克出土了一批铁矛，美国地质学家麦金泰尔博士奉命去鉴定。她用了两种方法测定了铁矛的年代，得到了同样的结果：距今25万年。这个违背进化论的结果实在让科学界无法接受。一个欧洲学者迫于各方面的压力，改成了人们愿意接受的年代。而麦金泰尔，这位在国际上有一定声望的教授，却从此失去了在相关领域里工作的一切机会。
已故的考古学家阿曼塔也遭遇了类似的命运。他在墨西哥的普瑞拉瓦城发现了一个史前动物的颌骨，里面有一块残破的铁矛的矛头，鉴定发现是26万年前的武器，一些刊物公布了这个不寻常的发现，但很快招来了权威们不做任何调查的批判，阿曼塔的事业也从此被扼杀了。
这类故事还有不少。好像一些人总在维护着过去的东西，他们可以凭经验否定事实。少数人的权威言论，代替了公众的思考。权威们造成的科学舆论，成了先入为主的思维框框，公众很难了解实际情况，只有无条件接受权威的观点－－科学在这里成了一种信仰。
随着时间的推移，进化论暴露的问题越来越多。一些进化论学者开始反戈一击，他们根据事实对进化论谨慎地提出了疑问，自然毫无例外地招来了经验性的批判。但是，事实毕竟是事实，理论的困惑，永远吸引着每一个探求真理的人。
二、进化论的三大证据相继破灭
进化论有三大经典证据：比较解剖学、古生物学和胚胎发育的重演律，可是近年来的研究使得它们相继瓦解了。
比较解剖学，暴露了进化论的逻辑错误－－循环论证。
科学上，如果一个理论的证明违背逻辑，这个理论就不能成立，但是人们对进化论的逻辑错误却没有深纠，也是因为深纠起来，就没有证据可言了。例如用比较解剖学来论证进化，形像地说就是：“如果人是猿进化来的，人和猿就会有许多相近的特徵；因为人和猿有许多近似之处，所以人就是猿进化来的。”懂逻辑的人都知道这种循环论证毫无意义。这种似是而非的“证明”贯穿于进化论所有的证据之中。人云亦云，人们盲从地接受了它。
胚胎发育重演律，逻辑上不能立足，理论上禁不起推敲，事实上是一个观察错误
19世纪，德国的海克尔提出了重演律学说，认为高等生物胚胎发育会重现该物种进化的过程。其实重演律本身就是假说，这个假设就成了进化论的重要证据：如果进化存在，胚胎发育的“重演现象”很像在反映进化的过程；因为有重演现象，进化就是存在的。这不但运用无意义的循环论证，而且掩盖了最关键的一点：谁也不明白“重演现象”和进化有什么关系，硬说成是因果关系。
其实，重演律是在生物学还很不发达的时候提出的假说，随着遗传学的出现和分子生物学的发展，特别是对基因的深入研究，重演论失去了理论依据。既然过去的基因已经突变成新基因了，怎么还重现过去的特徵呢？就重演律本身，古生物学家古尔德也指出了该理论的致命缺陷，这些已是共识了。
现在，很多学者证明了重演律是一个观察错误。德国人类胚胎学家布莱赫施密特(Erich Blechschmidt)所著的《人的生命之始》(The Beginnings of Human Life)一书中，以详尽的资料证明人的胎儿开始就都是人的结构，例如以前认为胎儿早期出现的象鱼一样的“鳃裂”，实际是胎儿脸上的皱褶，完全是人脸的结构，被硬说成“鳃裂”。胎儿在9毫米左右，身体下端的突起好像是尾巴，其实没有任何尾巴的结构特徵，那是一条中空的神经管，它发育较快，向阻力小的方向生长，暂时向末端突出，很快就平复了。而且它是有重要作用的，根本就不是残迹器官。
对罕见的畸形病：毛孩和长尾巴的小孩，进化论认为那是人祖先的特徵；要按这么推理，没有大脑的畸形更多，那人的祖先就没有大脑了？先天肢体残缺的、多长手指、脚趾的也常见，那么人的肢体就是从各种畸形进化来的？跳出进化论的思想框框一想，就会发现所谓的“返祖现象”只是畸形或缺陷而已，是基因畸变的反映，和人类祖先联系在一起毫无道理。
古生物学上，至今没有找到确凿的证据－－进化中的过渡类型
如果进化存在，必然存在进化过程中物种之间的过渡类型，否则进化就是谬论。在逻辑上，过渡类型的化石也就成了进化论的三大证据之一；而事实上，这方面并没有确凿的证据可用，达尔文等人猜想 20 世纪会找到明确的证据，也就是当时用“猜想”作了证据－－这又是极不严肃的。事实又是怎样呢？直到现在，发掘出的化石不计其数，禁得起推敲和鉴定的证据还没有一例。
在从猿到人的问题上，寻找过渡物种“类猿人”，早就列入了科学的“十大悬案”。数次宣布的人类始祖，很快就被否定了。例如1892年发现的人和猿之间的过渡化石“嘉伯人”，是一块猿的头骨和相距40英尺的一根人的腿骨拼凑出来的，学术界否定了“嘉伯人”，科教方面却还在宣传。直到1984年“嘉伯人”才被新发现的猿人化石“露茜”代替。但后来的鉴定中，露茜也被大部份学者否定了，科学家已经确定了露茜是一种绝种的猿，和人无关。
6具“始祖鸟化石”的相继问世，轰动了世界，成为鸟类和爬行动物之间过渡物种的典范。后来鉴定出5具是人造的，剩下的1具坚决拒绝任何鉴定。最初的“发现者”坦白了造假的原因之一：太信仰进化论了，就造出了最有力的证据。而教科书中，对始祖鸟和露茜还是不予更正，公众也就不知真相了。
假如进化存在，过渡类型化石就应该很容易找到，为什么没有呢？大家沿用达尔文的解释：化石记录不完全。深入一想：化石的形成是普遍和随机的，为什么单单漏掉了过渡类型呢？《审判达尔文》一书的作者约翰逊(PhilipJohnson)做了这样的总结：“化石向我们展示的都是突然出现的某种有机体，没有逐步进化的任何痕迹……这些有机体一旦出现，基本上就不再变了，哪怕过了几百万年，不管气候和环境如何变化，也不变了。如果达尔文的理论成立，这些条件本应该引起物种的巨大变化。”
古生物学家古尔德(Stephen Jay Gould)和埃尔德里奇曾根据地质历史的事实，提出了一个“间断平衡”假说，来说明过渡类型形成化石机率较小，但不能解释为什么过渡类型根本不存在，而且该假说的进化机制在基因水平上看，是绝对不可能的。
三、现代进化论在理论上的致命错误
如果一个理论是正确的，从不同的角度出发，都能证实其真理性，而且不同方面的证明互为补充。相对论的证明和证明基因是 DNA 分子正是这样。而进化论却相反：各个学说之间有着根本的对立，分歧之大是绝无仅有的。
可能古尔德举的这个例子能很形像地揭示原因：“布林顿(D. G.Brinton) 1890年的研究指出：黑人是低等的，因为他们保留着幼年的特徵；博克?L. Bolk)1926 年的研究宣称：黑人是低等的，因为他们的发育超越了白种人保留的幼年的特徵。”为什么矛盾的论据会支持同样的观点呢？因为他们在为一种错误的信仰找根据，而不是根据事实得出科学的结论。这里暴露的也正是进化论的问题。
再从一般的角度讲，如果一个理论在根本上有自相矛盾的地方，而且与某些已被验证的定理矛盾，科学的严谨性是不能容忍它立足的。下面的几点致命问题，足以否定进化论了：
概率计算表明，生物进化的可能性小到了绝对不可能的程度
现代进化论从基因水平解释进化，这是达尔文时代无法想象的。基因不发生根本的改变，一切表面的变化对进化都没有意义。也就是说，进化必须以基因进化为基础。现代进化论用基因随机突变假说解释进化的根本原因。值得注意的是，在数学公式和模型普遍应用于生物学领域的今天，进化论者从来没有提出公式，计算基因突变机制实现进化的机率，因为任何一个合理的公式都会否定进化。
许多学者从概率上证明了现代进化论的错误，贝希?Behe, M. J.)的《达尔文的黑匣子》 (Darwin's Black Box) 一书，多处从生命结构的复杂精密性否定了进化的可能。
这里提出一个宽松的公式，根据突变机率计算进化产生新物种的概率：
P ＝（ M · C · L · B · S ）^ N
通俗地说，就是一个物种的某个体发生了突变（机率只有 10 的负3次方，以下简为10^－3），并且突变后的基因与自身其它基因在不同层次的产物上可以相容（宽松估计 10^－2 ），而且在生存竞争中该个体能够存活，有繁殖的机会（10^－1），而且突变恰好有纵向进化的意义（这种情况至今没有发现，权且估计为 10^－3〕 而且突变基因在种群中不被丢失、稳定、扩大，一旦丢失就又得重来（宽松的估计为 10^－2 ）；因为新物种的形成需要一系列新基因的出现，假设要 10 个（幂指数 N ＝10 ，实际物种间绝对没有这么小的基因差异
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